Raspbian OSのGUIメニューには、SDカードのコピー機能があり、サイズの違うSDカードにも対応しているため、通常はこの機能を使うのが便利です。
ただし、OS自体が起動しなくなってしまった場合などは、問題の切り分けのために、新たにOSをインストールしたい場合もあります。
そのとき、もとのmicro SDカードの内容のバックアップをとって退避しておきたいときには、OSイメージを書き込むときに使うWin32DiskImagerを使うことで可能となります。
下記ドキュメントに手順をまとめましたので、参考にしてください。